La scuola è stata istituita nel 1989. La sua nascita coincide con un momento di particolare importanza sul piano culturale per lo sforzo e l’impegno nell’affermare un principio di conservazione che superasse l’idea di restauro intesa come una disciplina governata da criteri di giudizio di valore prettamente di tipo storico ed artistico.
Il promotore e primo direttore, Amedeo Bellini, con un gruppo di colleghi (tra questi Marco Dezzi Bardeschi), lavorava in quell’arco temporale a diffondere questo nuovo indirizzo, segnando il distacco della disciplina dalle filosofie di concezione estetico idealistica per aderire ad una differente visione volta a privilegiare la rilevanza che il patrimonio architettonico ha per la storia della civiltà di cui costituisce documento.
Negli anni, la scuola ha contribuito in modo significativo a questo radicale mutamento di concezione dell’oggetto che da opera d’arte diviene bene culturale.
Il secondo direttore, in carica dal 2010 al 2019, Alberto Grimoldi ha accentuato la multidisciplinarità della offerta formativa, aprendo la scuola verso nuove discipline sempre nell’alveo di una tradizione di cultura conservativa che da allora caratterizza la scuola milanese.
Dal 2026 la direttrice della Scuola è Mariacristina Giambruno.
Nei sei anni di direzione di Annunziata Maria Oteri la Scuola si è aperta alle sfide che la contemporaneità pone al Patrimonio costruito con la revisione radicale del Manifesto degli Studi, sia pure mantenendosi nel solco di una tradizione che ha avuto inizio nell’ormai lontano 1990.